Pusat Pengajian Siswazah ditubuhkan pada Disember 2008 dan mula menawarkan program sarjana pentadbiran perniagaan pengkhususan dalam bidang muamalah. Pusat ini turut bertanggungjawab mengendali dan menyelaraskann tawaran program akademik di peringkat pasca siswazah dalam pelbagai bidang. Selain itu, PPS turut berperanan mengendalikan program-program kesarjanaan dan ilmiah menerusi penganjuran seminar, forum, diskusi ilmiah dan bicara tokoh bertujuan menyemarakkan lagi budaya intelektual di dalam kampus.

Kini Pusat Pengajian Siswazah semakin berkembang dengan penawaran tiga program pasca siswazah; dua di peringkat Sarjana iaitu Sarjana Pentadbiran Perniagaan (Muamalah) dan Sarjana Syariah Pengurusan; dan satu di peringkat Doktor Falsafah iaitu Doktor Falsafah Islamiyyat dengan lima pengkhususan; Syariah, Usuluddin, Pengajian Islam, Pengajian Perniagaan dan Bahasa dan Kesusasteraan.

pengenalan